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AWS HealthOmics로 Nf-core 워크플로우 마이그레이션 하기 (scrnaseq)

참고문서: https://catalog.us-east-1.prod.workshops.aws/workshops/76d4a4ff-fe6f-436a-a1c2-f7ce44bc5d...

Example code

  Python으로 Nextflow 작성하기 import os from textwrap import dedent os.makedirs('workflows/nf/sa...

Rstudio 실습환경 자동화 구성

Amazon EC2의 Ubuntu 24버전 기준으로 아래 문서를 작성했습니다. 아래 내용은 시간이 지남에 따라 적절히 작동하지 않을 수 있으므로 필요한대로 수정하고 확인하...

Quickstart Hail (English)

Deploy an EMR cluster on AWS, with Spark, Hail, Zeppelin and Ensembl VEP using CloudFormation s...

AWS HealthOmics로 WDL 워크플로우 마이그레이션 하기 (HiFi-human-WGS-WDL)

다음 문서는 WDL 워크플로우를 HealthOmics의 Private workflow에 등록하는 내용을 다루고 있습니다. 대상 워크플로우 주소: https://git...

AWS HealthOmics로 유전체 분석 (Fastq to VCF, Annotation) 자동화하기

cd aws-healthomics-eventbridge-integration/workflows/vep aws stepfunctions start-execution \ ...

몇 가지 기능과 알아둘 것들

서비스 Quota와 리전 AWS의 거의 모든 서비스가 그러하듯 HealthOmics에서도 Quota가 존재합니다. 또한 사용 가능한 리전이 현재 제한적입니다. (서울 리...

AWS HealthOmics 소개 및 주요 링크

홈페이지, 공식 유저 가이드 AWS HealthOmics는 생물정보학자, 연구원, 과학자와 같은 사용자가 유전체학 및 기타 생물학적 데이터를 저장, 쿼리, 분석 및 분석하여...

Troubleshooting for AWS Batch & Nextflow

CannotPullImageManifestError: Error response from daemon: manifest unknown: manifest unknown  ...

Quickstart Hail (Korean)

스택 준비 AWS CLI credential을 준비하고 터미널에서 적용합니다. export AWS_DEFAULT_REGION="us-east-1" export...

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