Omics on AWS
AWS HealthOmics
News (AWS HealthOmics) AWS HealthOmics now supports DSL and Nextflow version detection (2024...
AWS HealthOmics 소개 및 주요 링크
홈페이지, 공식 유저 가이드 AWS HealthOmics는 생물정보학자, 연구원, 과학자와 같은 사용자가 유전체학 및 기타 생물학적 데이터를 저장, 쿼리, 분석 및 분석하여...
AWS HealthOmics로 유전체 분석 (Fastq to VCF, Annotation) 자동화하기
cd aws-healthomics-eventbridge-integration/workflows/vep aws stepfunctions start-execution \ ...
AWS HealthOmics에서 Annotation 작업 수행하기
AWS HealthOmics의 Analytics 기능을 활용하여 annotation작업을 수행할 수 있습니다. 준비물 입력 샘플 VCF Annotation할 ...
AWS HealthOmics - Storage
오믹스의 스토리지 컴포넌트는 2개가 있습니다. Reference store Sequence stores 이름에서도 알 수 있듯이 레퍼런스 스토어는 1개만 생성이 ...
AWS HealthOmics로 Nf-core 워크플로우 마이그레이션 하기 (scrnaseq)
참고문서: https://catalog.us-east-1.prod.workshops.aws/workshops/76d4a4ff-fe6f-436a-a1c2-f7ce44bc5d...
AWS HealthOmics로 Nf-core 워크플로우 마이그레이션 하기 (rnaseq)
참고 문서: https://catalog.us-east-1.prod.workshops.aws/workshops/76d4a4ff-fe6f-436a-a1c2-f7ce44bc5d1...
AWS HealthOmics - Troubleshooting
공식문서 https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/troubleshooting.html ECR_PERMISSION_...
몇 가지 기능과 알아둘 것들
서비스 Quota와 리전 AWS의 거의 모든 서비스가 그러하듯 HealthOmics에서도 Quota가 존재합니다. 또한 사용 가능한 리전이 현재 제한적입니다. (서울 리...
AWS HealthOmics로 WDL 워크플로우 마이그레이션 하기 (HiFi-human-WGS-WDL)
다음 문서는 WDL 워크플로우를 HealthOmics의 Private workflow에 등록하는 내용을 다루고 있습니다. 대상 워크플로우 주소: https://git...
Hail on AWS
본 문서에서는 AWS에서 오픈소스 Hail 도구를 실행하는 방법을 안내합니다. 아래와 같은 여러 방법들로 Hail을 실행할 수 있습니다. Amazon EMR on EC...
Amazon EMR on EC2
VPC 생성 1. VPC를 생성합니다. 다른 모든 사항은 기본값으로 하여 Name만 지정해주었습니다. VPC 생성 확인 만들어진 hail...
AWS Glue
여기서는 Hail을 VCF to Parquet 목적으로 사용하는 법을 설명합니다. 스크린샷이 첨부된 버전은 여기서 확인할 수 있습니다. 사전 준비 hail...
Hail with Amazon EMR notebook
노트북 셋업 EMR 스튜디오에서 동일한 VPC에 새 스튜디오를 만듭니다. 생성한 스튜디오에 대한 새 작업 공간(노트북)을 생성하면 완료되면 jupyterHub에 대...
Quickstart Hail (Korean)
스택 준비 AWS CLI credential을 준비하고 터미널에서 적용합니다. export AWS_DEFAULT_REGION="us-east-1" export...
Quickstart Hail (English)
Deploy an EMR cluster on AWS, with Spark, Hail, Zeppelin and Ensembl VEP using CloudFormation s...