AWS HealthOmics

서비스 소개

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AWS HealthOmics는 의료 및 생명 과학 조직과 조직의 소프트웨어 파트너가 유전체, 전사체 및 기타 오믹스 데이터를 저장, 쿼리, 분석하고 해당 데이터에서 건강을 개선할 수 있는 인사이트를 창출할 수 있는 특별히 구축된 서비스입니다. 이 서비스는 대규모 분석 및 협업 연구를 지원합니다.

Ready2Run (R2R) 워크플로우를 제공합니다. GATK, Singlecell, AlphaFold 등 이미 최적화된 파이프라인을 사용해보세요.

Private 워크플로우 또는 R2R 워크플로우를 사용해 분석을 수행하면 아래와 같이 하나의 Run 에 수많은 Task단위의 로그 및 컴퓨팅 사용량을 확인할 수도 있습니다.

이외에도 Storage 기능 (Reference store는 무료이며, Sequence store는 S3의 Intelligent Tiering보다 저렴하게 사용 가능함; 블로그) 과 Analytics 기능 (VCF 보관 및 간단한 데이터레이크 구축, SNP Annotation 기능 내장)

 

아래에는 HealthOmics에서 Private workflow로 등록하여 돌릴 수 있는 예제 파이프라인들을 제공합니다.

• WDL workflows

  • 📂 GATK Best Practice workflows

    • Analysis ready germline BAM to VCF
    • CRAM to BAM
    • FASTQs to analysis ready BAM
    • Germline FASTQs to VCF
    • Somatic SNPs and InDELs

  • 📂 Protein folding workflows

    • AlphaFold
    • ESMFold

  • 📂 Other WDL workflows

    • HISAT-Genotype HLA Caller

• Nextflow workflows

  • 📂 NF-Core workflows

    • FASTQC
    • RNAseq
    • scRNAseq-cellranger
    • scRNAseq
    • TaxProfiler

  • 📂 Other Nextflow workflows

    • VEP

https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows

 

관련 워크샵

• AWS HealthOmics - End to End
• Migrating Nf-core Workflows Into AWS HealthOmics

관련 블로그

• Secure Your Genomic Workflows and Data with AWS HealthOmics
• Category: AWS HealthOmics / AWS for Industries