Quickstart Hail

Deployment Guide

스택 준비

이 CloudFormation 스택을 시작하려는 region에서 S3 버킷을 생성합니다.

aws s3 mb s3://{버킷이름}-{리전}

이 리포지토리의 콘텐츠를 다운로드하고 압축을 푼 다음 다운로드한 콘텐츠를 앞에서 만든 S3 버킷에 넣습니다.

앞의 예제에서라면 버킷명은 {버킷이름}-{리전}-quickstart-hail 와 같습니다.

export AWS_BUCKET={버킷이름}-{리전}
git clone https://github.com/hmkim/quickstart-hail.git
cd quickstart-hail
aws s3 sync . s3://$AWS_BUCKET/quickstart-hail/ --exclude ".git/*"

예를들어 최종 결과는 다음과 같아야 합니다.

CloudFormation

CloudFormation 콘솔로 진입합니다.

새로운 리소스를 생성합니다.

앞에서 업로드한 template 디렉토리 내의 hail-launcher.template.yaml을 선택하고 Copy URL을 클릭합니다.

이 주소를 CloudFormation 스택 생성시 템플릿 주소로 입력하고 스택을 만듭니다.

사전에 만든 VPC를 선택합니다.

같은 VPC내 Public Subnet을 하나 선택합니다.

public subnet을 택했으므로 public으로 선택합니다.

필요한 버킷들을 추가로 만들도록 설정해봅니다.

quickstart-hail 폴더를 업로드한 기존의 버킷명도 입력하고 리전도 확인합니다.

CREATE_COMPLETE 메세지와 함께 아래와 같이 portfolio가 출력에 나왔다 면 정상 실행되었음을 확인할 수 있음.

Building AMIs

VEP의 경우 미리 다운로드할 수 있음. (아래 예시 참고)

wget <ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-112/variation/vep/homo_sapiens_vep_112_GRCh37.tar.gz>
aws s3 cp homo_sapiens_vep_112_GRCh37.tar.gz s3://{버킷명}/vep/cache/