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AWS HealthOmics로 Nf-core 워크플로우 마이그레이션 하기 (scrnaseq)
참고문서: https://catalog.us-east-1.prod.workshops.aws/workshops/76d4a4ff-fe6f-436a-a1c2-f7ce44bc5d...
Example code
Python으로 Nextflow 작성하기 import os from textwrap import dedent os.makedirs('workflows/nf/sa...
Rstudio 실습환경 자동화 구성
Amazon EC2의 Ubuntu 24버전 기준으로 아래 문서를 작성했습니다. 아래 내용은 시간이 지남에 따라 적절히 작동하지 않을 수 있으므로 필요한대로 수정하고 확인하...
Quickstart Hail (English)
Deploy an EMR cluster on AWS, with Spark, Hail, Zeppelin and Ensembl VEP using CloudFormation s...
AWS HealthOmics로 WDL 워크플로우 마이그레이션 하기 (HiFi-human-WGS-WDL)
다음 문서는 WDL 워크플로우를 HealthOmics의 Private workflow에 등록하는 내용을 다루고 있습니다. 대상 워크플로우 주소: https://git...
AWS HealthOmics로 유전체 분석 (Fastq to VCF, Annotation) 자동화하기
cd aws-healthomics-eventbridge-integration/workflows/vep aws stepfunctions start-execution \ ...
몇 가지 기능과 알아둘 것들
서비스 Quota와 리전 AWS의 거의 모든 서비스가 그러하듯 HealthOmics에서도 Quota가 존재합니다. 또한 사용 가능한 리전이 현재 제한적입니다. (서울 리...
AWS HealthOmics 소개 및 주요 링크
홈페이지, 공식 유저 가이드 AWS HealthOmics는 생물정보학자, 연구원, 과학자와 같은 사용자가 유전체학 및 기타 생물학적 데이터를 저장, 쿼리, 분석 및 분석하여...
Troubleshooting for AWS Batch & Nextflow
CannotPullImageManifestError: Error response from daemon: manifest unknown: manifest unknown ...
Quickstart Hail (Korean)
스택 준비 AWS CLI credential을 준비하고 터미널에서 적용합니다. export AWS_DEFAULT_REGION="us-east-1" export...
Tagging w/ Nextflow
Tagging 소개 태그 (Tag)는 AWS 리소스에 할당하는 레이블입니다. 태그는 키와 값으로 구성되니다. 예를들어 태그를 사용하여 부서, 유형, 애플리케이션 별로 리...
AWS HealthOmics로 Nf-core 워크플로우 마이그레이션 하기 (rnaseq)
참고 문서: https://catalog.us-east-1.prod.workshops.aws/workshops/76d4a4ff-fe6f-436a-a1c2-f7ce44bc5d1...
AWS HealthOmics - Troubleshooting
공식문서 https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/troubleshooting.html ECR_PERMISSION_...
AWS HealthOmics - Storage
오믹스의 스토리지 컴포넌트는 2개가 있습니다. Reference store Sequence stores 이름에서도 알 수 있듯이 레퍼런스 스토어는 1개만 생성이 ...
AWS HealthOmics에서 Annotation 작업 수행하기
AWS HealthOmics의 Analytics 기능을 활용하여 annotation작업을 수행할 수 있습니다. 준비물 입력 샘플 VCF Annotation할 ...
Store multimodal data with purpose-built Health AI services
이번 세션에서는 특수 목적의 헬스 AI 서비스(AWS HealthOmics, AWS HealthLake, AWS HealthImaging)로 멀티모달 데이터를 저장할 수 ...
실습용 윈도우 EC2 인스턴스 자동화
이 가이드는 AWS CLI를 사용하여 윈도우 서버 EC2 인스턴스를 여러 개 자동으로 설정하는 과정을 상세히 설명합니다. 실제 환경에서는 사용자의 요구사항에 맞게 설정을 ...
Hail with Amazon EMR notebook
노트북 셋업 EMR 스튜디오에서 동일한 VPC에 새 스튜디오를 만듭니다. 생성한 스튜디오에 대한 새 작업 공간(노트북)을 생성하면 완료되면 jupyterHub에 대...
Amazon EMR on EC2
VPC 생성 1. VPC를 생성합니다. 다른 모든 사항은 기본값으로 하여 Name만 지정해주었습니다. VPC 생성 확인 만들어진 hail...
Hail on EC2 (옵션)
앞에서 배운 것들을 토대로 새로운 EC2를 생성하고 접속한 뒤 오픈소스 프로그램인 Hail 을 설치 및 사용해 봅시다. Python3 버전 확인 python3 -...